自2020年1月起，至2023年3月20日止，各縣市累計本土個案確診個案前五多的縣市分別為新北市（2,106,835例）、臺中市（1,252,264例）、高雄市（1,145,855例）、桃園市（1,122,273例）和臺北市（1,012,500例）[551]。 4月確診人數 臺灣亦在這次防疫工作中首創全球第一個智慧防疫系統，而包括烏拉圭、美國、澳洲、印度尼西亞、瑞士、義大利、卡達、沙烏地阿拉伯等超過10個國家都透過管道洽詢[529]。 到了2021年，儘管七大工業國組織外長會議支持臺灣參與世界衛生大會[496]，臺灣仍未參與獲邀參加該年度世界衛生大會[497]。 儘管臺灣仍可以透過部分指定渠道與世界衛生組織會員國共享訊息並分享專業知識，但無法像會員國一樣直接取得第一手疫情資訊、有效改進防疫策略[474]，或就防疫資料與經驗直接與世界其他地區交流[475][476][477]。 最初疫情對臺灣的出口、民間消費與物價均造成影響，又以觀光旅遊產業受創最嚴重[383]，包括航空業、旅行社、飯店民宿業及餐飲業（英语：Impact of the COVID-19 pandemic on the food industry）[384][385]。
指揮中心例行記者會改為每周三召開[218]。 3月19日，中央流行疫情指揮中心將亞洲十九國、東歐一國、北美洲兩國及大洋洲十六國[註 9]的旅遊疫情警示升為第三級（三級 不宜前往）。 不論從何處返台，所有境外返台者，都需填寫「入境健康聲明暨居家檢疫通知書」，並配合居家檢疫14天（禁止外出，配合流行地區分級處理）[137]。
4月確診人數: 全世界確診者超過2.003億、死者超過426.3萬（8月4日）
臺灣各地6,000多家特約藥局藥師及衛生所協助發放口罩[289]，物流則由中華郵政負責[286][290]。 為了改善口罩分配不均的問題，政府先後透過「健康存摺」推出「口罩實名制2.0」和「口罩實名制3.0」，增加網際網路預購等通路[291]。 2020年3月19日，進入全球大流行並在西方國家出現失控情況後，要求國民入境實施「居家檢疫14天」，外籍人士限制入境[255][256]。 2020年2月10日，臺灣全面暫停海峽兩岸海運客運直航航線及航班，並在隔日全面禁止大陸人士入境[250]。
5月27日，台灣本土確診病例單日新增401例（校正後為529例），確診病例新增13例死亡，並公布5月17日至26日經校正回歸新增本土確診266例[89]，新增死亡案例數創單日新高[90]。 5月26日，台灣本土確診病例單日新增302例（校正後為532例），確診病例新增11例死亡，並公布5月17日至25日經校正回歸新增本土確診331例，新增死亡案例數創單日新高[88]。 5月23日，台灣本土確診病例單日新增287例（校正後為491例），確診病例新增6例死亡，並公布5月16日至22日經校正回歸新增本土確診170例，新增死亡案例數創單日新高[81][82][83]。
4月確診人數: 4/26 14:00 指揮中心記者會超連結
2月23日，指揮中心宣布，為達穩健開放，恢復正常生活，自2023年3月6日至4月30日，推動「112年全民COVID-19疫苗接種運動」，活動主軸為「疫苗加一，解封安心」，呼籲「未曾接種任何一劑」、「尚未完成基礎劑」及「6歲以上於今年1月1日起未接種過莫德納BA.4/5次世代疫苗」的對象響應接種，以增進免疫保護力，做好開放準備。 4月確診人數 活動期間將透過與各地方政府共同推動，由各縣市安排/指定合約醫療院所提供接種服務，並運用增設疫苗診次及設定社區接種站等方式，增進民眾接種可近性[231]。 4月確診人數2023 指揮中心表示，前述事項及醫療院所通報流程等已於今(2022)年9月30日函知各地方政府衛生局轉轄區醫療院所辦理，相關防治措施亦將視國內疫情變化適時調整，確保國內防疫安全。
另外，「全面禁止旅客來台轉機」政策延長至4月30日[73]。 臺灣決定對全球流行性傳染病採取積極防治作為（英语：Pandemic predictions and preparations prior to the COVID-19 pandemic），推動《傳染病防治法》修正，並配修正或新定施行細則及其他法規命令[5]。 其中新設中央指揮體系的「國家衛生指揮中心」、及透過法制程序授權成立下屬的「中央流行疫情指揮中心」，統整資源、設備、人力來讓防疫決策一致化[6]。
4月確診人數: 全世界確診者超過4.117億、死者超過583.8萬（2月14日）
截至2023年3月12日止，各縣市確診率以新北市52.24%最高，其次為基隆市50.37%。 確診率最低者為金門縣18.94%（以戶籍人口統計，若以實際常住人數確診率應為50%左右）。 依鄉鎮市區統計截至2023年3月19日止，新北市汐止區確診率最高，達61.2%（相當2人至少有1人確診）。 4月確診人數2023 其次為新北市深坑區59.41%（相當2人至少有1人確診），共有37個鄉鎮市區確診率達50%以上，149個鄉鎮市區確診率達40%以上，261個鄉鎮市區確診率達30%以上，344個鄉鎮市區確診率達20%以上，364個鄉鎮市區確診率達10%以上，368個鄉鎮市區確診率4.63%以上。
2020年5月15日，立法院三讀通過《公共衛生師法》，明定公共衛生師的執業範圍、場域以及應考資格，而這也是亞洲第一部《公共衛生師法》[304][539]。 其中受到嚴重特殊傳染性肺炎疫情的影響，《公共衛生師法》的確立公共衛生師平時分別在公家機關、私人企業或自行開業來規劃服務，而在疫情發生或政府有特別需求時得以徵調[304][540]。 在這期間，衛生福利部還特別委託公共衛生學會展開「防疫新生活健康行為監測研究計劃」，希望藉由公共衛生專業了解民眾的健康行為[304][541]。 4月確診人數2023 社會工作者則為遊民等弱勢族群進行訪視關懷、提供防疫物資與衛生教育宣導，並到社區及相關社會福利機構服務[430]。 隨著疫情趨緩，社會工作者則依規定審核補償和紓困金並撥付給民眾，並針對生活困苦的家庭提供關懷輔導服務[431]。
4月確診人數: 全世界確診者超過5.198億、死者超過629.0萬（5月13日）
三、重複感染個案如有採集PCR陽性檢體，衛生單位或臨床醫師可評估送衛生福利部疾病管制署檢驗及疫苗研製中心進行基因定序，以持續國內監測SARS-CoV-2變異株流行現況。 同日指揮中心強調，目前所實施之「國籍航空公司實施機組人員防疫健康管控措施作業原則」，機組員要在完整的防護措施前提下，才可縮短居家檢疫天數，將加強航空檢疫措施，尤其針對機組員在外站及機艙內如何落實防疫等管理機制，並訂出確實的懲罰辦法，以兼顧防疫及航空業的正常營運[247][248]。 12月1日，啟動「秋冬防疫專案」，強化「邊境檢疫」、「社區防疫」及「醫療應變」措施。 邊境檢疫：所有入境及轉機旅客登機前須附3日內COVID-19核酸檢驗報告；社區防疫：出入八大類場所應佩戴口罩，經勸導不聽者依法開罰；醫療應變：加強通報採檢，訂定獎勵指標[236][237]。 8月17日，彰化縣衛生局長葉彥伯主動採驗無症狀居家檢疫者，而後被檢疫者確診，由於不符合指揮中心篩檢作業程式，中央流行疫情指揮中心指揮官陳時中同日下令政風處調查採檢流程是否符合程序及採檢理由，引發爭議[234][235]。
5月24日，台灣本土確診病例單日新增334例（校正後為502例），確診病例新增6例死亡，並公布5月14日至23日經校正回歸新增本土確診256例[84]，累計826例校正回歸本土確診個案，10天內暴增3,500餘例本土確診[85]。 5月22日，台灣本土確診病例單日新增321例（校正後為473例），確診病例新增2例死亡，並公布5月16日至21日經校正回歸新增本土確診400例[79]，這是指揮中心首次以「校正回歸」新增之前數日的本土確診病例數[80]。 5月16日，台灣本土確診病例單日新增206例（校正後為284例），為因應近期台灣本土疫情升溫，為利傳染病防治工作進行，指揮中心也授權各直轄市、縣（市）政府以「指揮中心記者會確診個案資料發布原則」，發布確診個案公共場所活動史[64]。 3月17日，恢復旅行業組團赴帛琉旅遊及接待帛琉來臺觀光團體入境[28]。 同日，疫情指揮中心表示，秋冬防疫專案繼續維持實施。 提醒民眾出入醫療照護、公共運輸、生活消費、教育學習、觀展觀賽、休閒娛樂、宗教祭祀及洽公機關（構）等八大類高感染傳播風險場域，因不易與他人保持社交距離，且會近距離接觸不特定對象，請務必佩戴口罩，並應落實勤洗手、咳嗽禮節等個人衛生習慣，以降低感染風險。
4月確診人數: 全世界確診者超過2.717億、死者超過534.2萬（12月15日）
5月25日，台灣居家隔離人數於今日歸零[198]。 放寬精神科病房探視，在相關防疫措施及限定條件下親友可預約探視，訪客與病人仍需全程佩戴口罩[199]。 5月10日，台灣超過28天（2個14日潛伏期）沒有本土病例，以公衛立場來看屬於相當安全的社區[189]。 但國際疫情仍處於大規模流行階段，不可掉以輕心[190]。
- 5月30日，鑒於瑞德西韋療效及安全性已有初步證據支持，且國際間亦陸續核准該藥品使用，基於台灣公共衛生需求、醫療利益與風險平衡，食藥署有條件核准該藥品專案輸入使用於重度新型冠狀病毒感染的病人[207]。
- 指揮中心公布國內新增3例COVID-19境外移入確定病例；另確診個案中無新增死亡。
- 12月26日，武漢市呼吸與重症醫學科醫生張繼先最早發現和上報此不明原因肺炎，並懷疑該病屬傳染病[25][26][27]。
- 今日新增之1,199例本土病例，為575例男性、623例女性、1例調查中，年齡介於未滿5歲至90多歲，發病日介於今(2022)年3月31日至4月16日，其中包含672例為無症狀感染。
- 為了加速相關研發所需的法規審查，食品藥物管理署則建立專責輔導團隊，並製備病毒標準品提供給相關機構[351]。
- 最初疫情對臺灣的出口、民間消費與物價均造成影響，又以觀光旅遊產業受創最嚴重[383]，包括航空業、旅行社、飯店民宿業及餐飲業（英語：Impact of the COVID-19 pandemic on the food industry）[384][385]。
陳時中也提到，在評估整體疫情走向時確實會有高點，但當染疫個案一多，擁有自然抗體的人數增加，病毒「碰壁」的機會就變高，趨勢慢慢趨緩，再加上台灣比鄰近國家疫情嚴峻時的疫苗接種率高出很多，「有什麼道理台灣疫情會比其他國家高出好幾倍」，台灣防疫能力比其他國家做得好。 （中央社記者陳婕翎、張茗喧台北27日電）國內今天COVID-19本土個案數新增8822例，臨近9千大關，指揮中心指揮官陳時中今天推估，明天全台確診數將破1萬人，這波疫情高峰低推估為單日4萬人、高推估10萬人。 台南市今天新增本土登革熱確診病例104例，短短4天增加近500例，已累積2434例，由於國際登革熱疫情持續延燒，截至目前全國已累計125例境外移入病例，登革熱防治中心蘇世斌主任提醒，南市目前社區中流行第1型登革熱疫情，如果境外移入病例帶入不同型別登革病毒，將提高登革熱重症風險。 指揮中心統計，自2020年起國內COVID-19累計10,069,539例確診、18,010例死亡。
4月確診人數: 從李登輝到賴清德 台灣30年「過境外交」下的美中台角力
此外，案24的關聯群組結案，依舊會往源頭回朔，但非現階段必要事項。 2月25日，中央流行疫情指揮中心將義大利的旅遊疫情警示升為第二級（二級 加強防護），而外交部配合將義大利旅遊警示升為橙色、北部疫區更升為紅色燈號[101]。 另外，自2月27日起，兒童健保卡不受身分證字號尾數單雙號分流限制，每日都可購買，且最多一次可持三張兒童健保卡購買口罩[102]。 2月10日，中央流行疫情指揮中心宣佈自2月11日起，港澳人士除商務相關人士、擁有中華民國居留證港澳配偶與其未成年子女之外，皆暫緩入境[69]。
自2020年1月起，至2023年3月20日止，臺灣在嚴重特殊傳染性肺炎疫情中的累計確診個案有10,236,886人，累計死亡個案則有18,803人（病死率0.18%）。 當中分別有10,178,478例本土個案（約佔99.4%）、58,354例境外移入個案（約佔0.6%），另有54例個案被歸類為其他狀況（36例敦睦遠航訓練支隊個案、3例航空器個案、1例不明個案及14例調查中個案）[551]。 最新：今日 6/4 新增確診案例 68,118 例本土、33 境外，昨日確診（6/3)新增確診案例76,517 例本土、47境外。 中央流行疫情指揮中心已停止公布確診者足跡，確診案例逐漸增多，請務必提高警覺。並且即日起取消營業場所/公共場域(含交通運輸/餐飲場所等)實聯制措施，鼓勵民眾下載及使用「臺灣社交距離APP」。 個案年齡介於未滿10歲至90多歲，其中大於60歲以上個案佔39%，高於2014至2022年60歲以上累計個案數占比(26%)；今年累計11例重症病例，年齡介於60多歲至80多歲，分別為雲林縣9例、臺南市2例，其中1例尚住院中，另累計3例死亡病例；目前社區已出現第一型及第二型登革病毒，曾感染登革熱、年長及高風險族群須持續注意重症警示徵象及出血徵兆。
4月確診人數: 全世界確診者超過2.335億、死者超過477.8萬（9月29日）
為降低台灣社區傳播風險，及避免造成醫療體系負擔，自2020年實施之秋冬防疫專案（2020年12月1日至2021年2月28日止）將調整並持續執行，請民眾及醫療院所配合。 指揮官陳時中今(23)也表示，今年第四批採購Moderna疫苗20.04萬劑，於今日晚間抵達桃園國際機場，完成通關程序後，直接運送至指定冷儲物流中心進行後續檢驗封緘作業，再提供COVID-19接種計畫所列實施對象接種。 指揮中心說明，已於2021年7月22日與美國Moderna公司簽署2年共3,500萬劑COVID-19疫苗之供應合約，今年預定供應2,000萬劑疫苗，目前共有434.19萬劑到貨，分別為首批1月25日151.21萬劑、第二批2月15日140.48萬劑、第三批2月27日122.46萬劑及本批20.04萬劑。
10月13日，臺灣總確診數突破700萬例。 時隔936天，宣布「全球嚴重特殊傳染性肺炎」（COVID-19）旅遊疫情建議等級調降至第二級：警示(Alert)，出國旅遊應採取加強防護措施[214][215][216]。 5月26日，正式實施修訂「2019年冠狀病毒病」定義，民眾使用家用抗原快篩試劑檢測結果陽性，不分年齡及族群，經醫事人員確認，或由醫事人員執行抗原快篩結果陽性者，即可研判為確定病例[190]。 12月11日，宣布首例「Omicron」境外移入個案，為一名30多歲女子，12月8日從史瓦帝尼入境，隨後又公布新增兩例個案，分別從英國、美國入境[137]。 4月確診人數 第4波新冠疫情來勢洶洶，疾管署公布上週平均每天新增245例併發症病例，死亡則每天平均新增35例，創今年單週新高。 疫情持續在高點，有醫師分析，因為這波主流變異株為XBB，具有免疫逃脫特性，且傳播力強，尤其近期是校園畢業季，重複感染的年輕人特別多。
4月確診人數: 本土疫情大規模爆發（三級警戒）
外交部領事事務局因應菲律賓片面禁止台灣公民入境措施，同步將菲律賓旅遊警示提升至紅色（不宜前往 儘速離境）[71]。 晚間，陸委會宣佈疫情期間有條件開放中國大陸籍非中華民國籍子女來臺的措施，引發社會議論[72]。 4月確診人數 1月31日，中央流行疫情指揮中心表示，臺大醫學院醫技系張淑媛教授已從康復的第10例病患分離出新冠狀病毒的病毒株，成為繼中國大陸、澳洲、日本後，全球第4個分離出武漢肺炎病毒的國家地區，未來可進行更多研究、培養，以及發展疫苗、治療藥物及開發新藥等[47]。 1月25日，移民署提高中國大陸遊客入境限制，入臺證記載為觀光、健檢醫美及專業交流者均不准入台，赴台就學的中國大陸學生及配偶不受其限制[39]，同日時任高雄市長韓國瑜在主持第二級流行疫情指揮中心會議時宣布指揮中心提升一級開設，讓高雄成為台灣第一個針對武漢肺炎防治一級開設的城市[40]。 此外屏東縣疫情指揮中心等級也提升至第二級[41]；兩天後中央流行疫情指揮中心宣布自當天零時起暫緩受理中國大陸人士的觀光簽證；已發入台許可證者將推遲入境[42]，在境內旅遊的武漢團於1月26日全數離境，湖北團1月27日全數離境，中國大陸觀光團應於1月31日前離境[43]。
